2007.gada 1.oktobrī ar Latvijas Republikas Ministru kabineta 2007.gada 11.jūlija rīkojumu Nr.432 „Par Medicīniskās aprūpes un darbnespējas ekspertīzes kvalitātes kontroles inspekcijas, Valsts farmācijas inspekcijas un Valsts sanitārās inspekcijas reorganizāciju un Veselības inspekcijas izveidošanu” darbu sāka Veselības inspekcija, kura izveidota, apvienojot Valsts Sanitāro inspekciju (VSI), Valsts Farmācijas inspekciju (VFI) un Medicīniskās aprūpes un darbspējas kvalitātes kontroles inspekciju (MADEKKI). Veselības inspekcija pārņēma visu trīs inspekciju funkcijas, tiesības, saistības, finanšu līdzekļus, mantu un lietvedību.

Ar 2009.gada 1.septembri saskaņā ar Latvijas Republikas Ministru kabineta 29.07.2009. rīkojumu Nr. 509 "Par Veselības ministrijas padotībā esošo valsts pārvaldes iestāžu reorganizāciju" Veselības inspekcija pārņēma likvidētās Sabiedrības veselības aģentūras funkcijas:  slimību uzraudzība (izņemot infekcijas slimības), kā arī tādu vides faktoru uzraudzība, kuri izraisa saslimšanu un veselības veicināšanas īstenošanas uzraudzība reģionālajā līmenī.

2009.gada 1.oktobrī no Veselības statistikas un medicīnas tehnoloģiju valsts aģentūras Veselības inspekcija pārņem ārstniecības iestāžu reģistra papildināšanu un informācijas aktualizēšanu, ārstniecības personu reģistra uzturēšanu, kā arī medicīnas ierīču lietotāju, ražotāju un tirgus uzraudzību. Savukārt no Medicīnas profesionālā izglītības centra – ārstniecības atbalsta personu reģistra uzturēšanu.

Inspekcijas pārziņā turpmāk būs arī veselības aprūpes pakalpojumu saņemšanas iespēju un to sniegšanas uzraudzība, pārbaudot atbilstību normatīvajiem aktiem un līgumiem, kas līdz šim bija Veselības obligātās apdrošināšanas valsts aģentūras kompetencē.