Veselības inspekcija savu darbību veic visā Latvijas teritorijā. Veselības inspekcijā ir izveidota Kurzemes kontroles nodaļa ar centru Kuldīgā, Latgales kontroles nodaļa ar centru Daugavpilī, Vidzemes kontroles nodaļa ar centru Valmierā, Zemgales kontroles nodaļa ar centru Jelgavā. Sadarbībā ar pašvaldībām tiek nodrošināta iedzīvotāju apkalpošana pilsētās, kur Inspekcijai nav biroja telpu.